Genetik ikan mas harus dipertahankan. Cara mempertahankan genetik ikan mas dapat dilakukan berbagai cara, diantaranya :
Pertama, tidak mengawinkan induk jantan dan betina dalam satu keturunan. Caranya, seorang pembudidaya harus memiliki minimal dua kelompok induk yang asal-usulnya berbeda, beda tempat, yaitu kelompok A dan kelompok B. Kelompok A dikawinkan dan dipelihara dalam kolam A, sedangkan kelompok B dikawinkan dalam kolam B. Masing-masing kelompok kolam akan menghasilkan masing induk jantan dan betina dari kedua kolam itu.
Induk jantan dari kolam A tidak boleh dikawinkan dengan induk betina dari kolam A. Tapi, kawinkanlah induk jantan kolam A dengan induk betina kolam B, atau kawinkan induk betina kolam A dengan induk jantan kolam B. Namun cara ini masih kurang terjamin, karena pertalian adarah antara ikan dalam satu lokasi masih sangat dekat.
Kedua, mengawinkan induk jantan atau betina dengan induk jantan atau betina dari lokasi yang berbeda, misalnya antar kabupaten A dengan kabupaten B atau antar propinsi A dengan propinsi B. Cara ini lebih baik dari cara pertama, karena pertalian darah antara ikan dalam satu lokasi dengan lokasi lain kemungkinan lebih jauh.
Ketiga, mengawinkan anak dengan induk asalnya. Misalnya mengawinkan jantan dengan betina induk asalnya, anak dengan ibunya, atau mengawinkan betina dengan jantan induk asalnya, anak dengan bapaknya. Perkawinan itu dikenal dengan istilah backcross. Itulah cara yang paling baik. Karena induk asal masih memiliki genetik yang lebih baik, atau masih utuh atau masih lebih unggul dari anaknya. Backcroos akan menurunkan genetik yang lebih baik dari cara pertama dan kedua.
Kedua, mengawinkan induk jantan atau betina dengan induk jantan atau betina dari lokasi yang berbeda, misalnya antar kabupaten A dengan kabupaten B atau antar propinsi A dengan propinsi B. Cara ini lebih baik dari cara pertama, karena pertalian darah antara ikan dalam satu lokasi dengan lokasi lain kemungkinan lebih jauh.
Ketiga, mengawinkan anak dengan induk asalnya. Misalnya mengawinkan jantan dengan betina induk asalnya, anak dengan ibunya, atau mengawinkan betina dengan jantan induk asalnya, anak dengan bapaknya. Perkawinan itu dikenal dengan istilah backcross. Itulah cara yang paling baik. Karena induk asal masih memiliki genetik yang lebih baik, atau masih utuh atau masih lebih unggul dari anaknya. Backcroos akan menurunkan genetik yang lebih baik dari cara pertama dan kedua.